Las áreas protegidas son importantes en la conservación de recursos naturales, culturales y los paisajes de un ambiente único. Son sectores del territorio continental o marino de gran biodiversidad y belleza escénica, que cuentan con un estatus de protección legal y donde las actividades humanas están limitadas.

Con 46 Áreas Protegidas, Argentina ha sido un país pionero en la región y en el mundo en materia de creación de Parques Nacionales. La Administración de Parques Nacionales continúa trabajando para duplicar su superficie, planificando el futuro de manera sustentable.

Los parques nacionales de la Provincia de Santa Cruz son Bosques Petrificados, Los Glaciares, Monte León, Perito Moreno y Patagonia.

Parque Nacional Bosques Petrificados

Ubicado en la localidad de Jaramillo, al noreste de la provincia de Santa Cruz, está considerado uno de los yacimientos fósiles más importantes del país. Allí se encuentran los árboles petrificados más grandes del mundo: algunos ejemplares llegan a medir 35 metros de largo y hasta 3 de diámetro. En el Parque, podemos encontrar ejemplares de zorros colorados, pumas, maras, lagartijas, zorrinos, piches, ñandúes, choiques, águilas y martinetas andan entre los ejemplares petrificados. 

Parque Nacional Los Glaciares

La mitad del parque es ocupado por el Campo de Hielo Patagónico, el manto helado más grande del mundo después de la Antártida. Alimenta 47 glaciares, entre ellos al famoso Perito Moreno, que por su continuo movimiento produce un fenómeno de avance y retroceso con desprendimientos espectaculares de su frente de hielo. El monte Fitz Roy o Chaltén, de 3.405 metros, y el cerro Torre, de 3.100 metros, son los picos más altos.

Parque Nacional Patagonia

Protege un patrimonio natural y cultural único. La Meseta del lago Buenos Aires es una altiplanicie volcánica que se destaca por su gran biodiversidad y que incluye especies endémicas (exclusivas de una ecoregión) de flora y fauna, a la vez que constituye uno de los últimos refugios del Macá Tobiano, Monumento Natural Provincial, que tiene su principal sitio de reproducción en la laguna de altura y comportamientos muy específicos en lo que respecta a la conformación de sus nidos, la postura de huevos, la cría de pichones. Podemos encontrar también ejemplares de huroncito patagónico; poblaciones saludables de guanacos, pumas, choiques, y otros grandes vertebrados patagónicos.

Parque Nacional Monte León 

Situada sobre el litoral marítimo de Santa Cruz, esta área es una muestra representativa de la biodiversidad de la estepa y costa patagónica. La fauna que integra este ambiente está compuesta por guanacos, choiques, junto a los zorrinos, piches, zorros, pumas. Las playas y roquerías son elegidas por gaviotines, gaviotas compartidas con lobos marinos de un pelo. Además, es hogar de una de las principales colonias de pingüinos de Magallanes. Aves migratorias como el chorlito doble collar, el de rabadilla blanca y el enorme petrel gigante también pueden verse.

Parque Nacional Perito Moreno

En la zona noroeste de la provincia, se caracteriza por abruptas montañas de picos nevados y valles glaciares cubiertos de abundante vegetación. Es común la presencia de huemules, guanacos, choiques, pumas, zorros colorados y grises, flamencos, hualás, cisnes, patos, cauquenes, cóndores, águilas moras y ñacuturúes. Hay una gran cantidad de fósiles, yacimientos paleontológicos y restos arqueológicos en los que se hallaron objetos y pinturas que prueban la presencia del hombre desde hace más de 10.000 años.