En materia de medicamentos existen varios porcentajes de acompañamiento dentro de la CSS: los descuentos habituales para afiliados y afiliadas en condición activa, al 50% y en condición pasiva, al 90%, son de las más amplias en comparación a las obras sociales provinciales. También las coberturas al 70% en medicación, para enfermedades crónicas y al 100% en programas específicos como diabetes, oncológicos, VIH y alto costo.

Para que las prescripciones de los medicamentos puedan seguir su curso de auditoría deben cumplir los siguientes requisitos:
 
-La fecha de confección debe estar clara y no superar los 30 días hasta la solicitud de su auditoría.
-No puede contener una fecha posterior a la actual.
-Debe ser prescripta por profesionales prestadores, que cuenten con convenio en la obra social santacruceña y el sello, firma y matrícula deben ser legibles.
-No se pueden recetar marcas, en cumplimiento de la Ley Nacional 25649, se deben prescribir genéricos, es decir, las drogas, no laboratorios o marcas específicas. Deben estar a nombre de quien vaya a consumir la medicación, son personales e intransferibles.
  
Se debe considerar que la CSS atraviesa un sistema mixto, permitiendo recetas escritas a puño y letra y electrónicas. El trámite de autorización, puede realizarse de manera remota, a través de los medios oficiales 2966 62-6026 en Zona Sur, 2966 75-4909 en Zona Norte y el correo autorizacionescabacss@gmail.com en Ciudad Autónoma de Buenos Aires.

En este mismo sentido, es importante resaltar que las recetas no se cobran. La consulta médica tiene un valor de $3000 (tres mil pesos) y este monto comprende la confección de todas las recetas que necesite el o la paciente.
 
Los afiliados que hayan sufrido vulneración de derechos en este sentido, pueden notificar el incumplimiento del prestador de manera gratuita y confidencial ante la plataforma css.gov.ar/cobroindebido